新疆地方鸡遗传关系和基因组差异研究

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摘要：旨在揭示拜城油鸡、和田鸡和吐鲁番鸡等3种新疆地方鸡相互之间的遗传关系和基因组差异，从而在基因组层面为新疆地方鸡遗传资源的保护与开发提供科学依据。本研究以65份鸡的全基因组重测序数据为对象，借助Rstudio、Plink、Pedstats等软件对数据实施过滤处理;通过状态同源（identicalby state，IBS）多维标度分析不同鸡种的群体遗传结构，利用 Treemix及Dsuite开展基因渗人（gene introgression）分析，采用群体间单倍体扩增纯合性检测（cross population extended haplotype homozygosity，XP-EHH）及跨群体的符合似然比检验（cross populationcomposite likelihood radio test，XP-CLR）挖掘选择信号。（剩余24671字）